..M yazacı ile biten sözcükler
- BİYOLOJİK BELİRLENİM ile/ve KÜLTÜREL BELİRLENİM
- BLEPHAROSPASM[İng.] değil/yerine/= BLEFAROSPAZM
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- BLOCH THEOREM[İng.] / THÉORÈME DE BLOCH[Fr.] / BLOCH-THEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= BLOCH KURAMI/TEOREMİ
- BOĞAZLARIM AĞRIYOR / BOĞAZLARIMI ÜŞÜTMÜŞÜM değil BOĞAZIM AĞRIYOR / BOĞAZIMI ÜŞÜTMÜŞÜM
- [BÖYLE/ŞÖYLE/ÖYLE]
"HİSSEDİYORUM" değil (")SEZİYORUM(")
- BOZUCU SEÇİLİM ile/||/<> DENGELEYİCİ SEÇİLİM
- BOZULMA" ile/ve/değil/> GELİŞİM ile/ve/değil/> DEĞİŞİM
- BROMINE[İng.] / BROME[Fr.] / BROM[Alm.] ile/değil/yerine/= BROM
- BU ŞARKIYI BİL(M)İYORUM ile/ve/değil BU ŞARKININ SÖZLERİNİ BİL(M)İYORUM
- BUDDHISM[İng.] değil/yerine/= BUDİZM
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- BUĞULU CAM ile BUZLU CAM
- BUGÜN AKŞAM" değil BU AKŞAM
- BUGÜNKÜ AKLIM ile/ve/değil/yerine/<>/< DÜNKÜ YAPTIKLARIM
Ama dünkü yaptıklarımı yapmayabilseydim, bugünkü aklım da olmayabilirdi. )
- BÜKLÜM ile BÜKLÜMLÜ ile BÜKLÜM BÜKLÜM
- BULANIK BİRLEŞİM ile/||/<> BULANIK KESİŞİM
- BUNU ALDIM <>/||/>/< BUNALDIM değil/yerine
YANLIŞIMIN/YANILSAMAMIN/OYUNUN FARKINDAYIM
- BÜYÜK TERİM ile/ve ORTA TERİM ile/ve KÜÇÜK TERİM
- ÇAĞRIŞIM ile/ve/||/<>/> AKTARIM
- ÇAĞRIŞIM ile/ve/değil/yerine/>/</||/>< KAVRAM
- ÇAĞRIŞIM ile/ve/||/<> YAKIŞTIRMA
- CARLESON THEOREM ile/||/<> HUNT THEOREM
- CARNOT'S THEOREM[İng.] / THÉORÈME DE CARNOT[Fr.] / CARNOT-LEHRSATZ, CARNOT-THEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= CARNOT TEOREMİ
- ÇARPIM ile/ve/||/<> KARTEZYEN ÇARPIM
- CEBRÎ SATIM değil/yerine/= GÜCERLE SATIM
- CEKETİMİ GİYİNECEĞİM değil CEKETİMİ GİYECEĞİM
- ÇEKİM ile/ve/<> GEREKSİNİM
- ÇEKİMSEL BİÇİMBİLİM ile ÇEKİMSEL BİÇİMBİRİM
- CELİLÜ'L-KELÂM ile DAKİKÜ'L KELÂM
- CEM[Ar.] ile CEM'[Ar. çoğ. CUMÛ] ile CEMM[Ar.]
- CENAZEYE GİDİYORUM ile/değil/yerine AĞLAMAYA GİDİYORUM
- ÇEVREMDEKİ ON(10) KİŞİ YAPIYORSA, BEN DE YAPARIM/ALIRIM değil/yerine ÇEVREMDEKİ ON(10) KİŞİ YAPIYORSA, BEN DE KENDİMİ YAPAR/ALIR BULUYORUM
- ÇIKARIM YAPMAK ile ANLAŞILIR ile ÇIKARIM ile ÇIKARIMSAL ile ÇIKARIM
- ÇIKARIM" ile/ve/değil/ne yazık ki/||/<>/< ÇAĞRIŞIM
- ÇIKARIM ile/ve/değil/ne yazık ki "ÇAĞRIŞIM"
- ÇIKARIM ile/ve/değil/yerine/||/<>/< DOLAYIM
- ÇIKMAYIM" değil ÇIKMAYAYIM
- LINE SPECTRUM[İng.] / SPECTRE DE RAIES[Fr.] / LINIENSPEKTRUM[Alm.] ile/değil/yerine/= ÇİZGİ TAYFI/SPEKTRUMU
- CLAPEYRON'S THEOREM[İng.] / THÉORÈME DE CLAPEYRON[Fr.] / CLAPEYRONISCHES THEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= CLAPEYRON KURAMI/TEOREMİ
- CLAUSIUS THEOREM[İng.] / THÉORÈME DE CLAUSIUS[Fr.] / CLAUSIUSSCHE THEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= CLAUSİUS KURAMI/TEOREMİ
- CLAUSIUS VIRIAL THEOREM[İng.] / THÉORÈME DU VIRIEL DE CLAUSIUS[Fr.] / CLAUSIUS-VIRIALTHEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= CLAUSİUS VİRİAL KURAMI/TEOREMİ
- ÇOĞU ÖLÜM ve/=/||/<> ERKEN ÖLÜM
- MEHRGLIEDRIGES OPTISCHES SYSTEM[Alm.] ile/değil/yerine/= ÇOK BİLEŞENLİ OPTİK SİSTEM
- ÇOK KULLANIM ile/ve/değil/||/<> KÖTÜ KULLANIM
- ÇOKLU ANLAM ile/ve ÇOKLU YORUM
- ÇOKLU ile ÇOKLUK ile ÇOKLU ZEKA ile ÇOKLUK EKİ ile ÇOKLU ORTAM ile ÇOKLU GÖSTERİM
- ÇOKTANRICILIK = POLYTHEISM[İng.] = POLYTHÉISME[Fr.] = POLYTHEISMUS[Alm.]
- COMMENSALISM[İng.] değil/yerine/= KOMENSALİZM
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- COMPLETENESS İLE COMPACTNESS İLE LÖWENHEİM-SKOLEM ile/||/<> MODEL KURAM
- CORPUS LUTEUM[İng.] değil/yerine/= KORPUS LUTEUM
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- COULOMB'S THEOREM[İng.] / THÉORÈME DE COULOMB[Fr.] / COULOMB-THEOREM[Alm.] ile/değil/yerine/= COULOMB KURAMI/TEOREMİ
- ÇÖZÜM ile/ve/değil/yerine/||/<>/< ARA ÇÖZÜM
Neşeli kişiler, çözüm üreterek[dizlerini karnına çekerek] rahat uyur. )
- ÇÖZÜM ile/ve/değil/yerine/> SÜREKLİ/ESASLI/KALICI/KÖKLÜ/GERÇEK ÇÖZÜM
Sürekli ve her koşulda, herhangi bir özel durumla sınırlı kalmayacak sürekli/kalıcı olan. )
- CÜRM[Ar.] ile/değil CİRM[Ar.]
- CÜRÜM ile/değil CİRİM(ECRÂM)
- CÜSÂM[Ar.] ile CÜSÂM[Ar.]
- CÜZZAMLI ile CÜZZAM ile CÜZZAM
- ...'DA OLMAMDAN/OLUŞUMDAN DOLAYI ...(KATILAMIYORUM) ile/ve/değil ...'DA OLDUĞUMDAN DOLAYI ...(KATILAMIYORUM)
- DIFFUSE SPECTRUM[İng.] / SPECTRE DIFFUS[Fr.] / DIFFUSES SPEKTRUM[Alm.] ile/değil/yerine/= DAĞINIK TAYF/SPEKTRUM
- DALGALI/ALTERNATİF AKIM ile DOĞRU AKIM ile KUVVETLİ AKIM ile ZAYIF AKIM
- FLUCTUATING CURRENT[İng.] / COURANT ONDULÉ[Fr.] / SCHWANKENDER STROM[Alm.] ile/değil/yerine/= DALGALI AKIM
- DANS EDELİM! ve/||/<> ŞARKI SÖYLEYELİM! ve/||/<> SEVELİM! ve/||/<> YAŞAYALIM!
- DAR YORUM ile/||/<>/>< GENİŞ YORUM
- DARBE TAYFI[Osm.] / PULSE SPECTRUM[İng.] / SPECTRE D'IMPULSIONS[Fr.] / PULSSPEKTRUM[Alm.] ile/değil/yerine/= DARBE TAYFI/SPEKTRUMU
- PULSATING CURRENT[İng.] / COURANT PUISÉ[Fr.] / PULSIERENDER STROM[Alm.] ile/değil/yerine/= DARBELİ AKIM
- DARWINIAN EVRİM ile/||/<> LAMARCKIAN EVRİM
- DAVRANIŞSAL YAKLAŞIM ile/ve/||/<> BİLİŞSEL YAKLAŞIM
- DE(EEEEEE)RMİŞİM yerine ATLIYORUM!
- DEĞİŞİM ile/ve/||/<>/>/< AÇILIM
- DEĞİŞİM ile/ve/||/<>/> DENETİM
- DEĞİŞİM ile/ve/değil/||/>< DEVİNİM
- DEĞİŞİM ile/ve/||/<>/> DEVRİM
- DEĞİŞİM ile/ve/<>/yerine/değil HEMEN DEĞİŞİM
- DEĞİŞİM ile/ve KENDİ KENDİNE DEĞİŞİM
- DEĞİŞİM ile/ve KENDİNDE DEĞİŞİM
- DEİZM ile/ve SEKÜLERİZM
- DEM[Ar. çoğ. DİMÂ'] ile DEM'[Ar.] ile DEM[Ar.]
- DEM[Ar.] ile DEM[Fars.]
- DEM ve/||/<> GAM ve/||/<> SERENCÂM[Fars.]
- DENEY VE GÖZLEM ve/||/<> ÖLÇÜ VE YÖNTEM
- DENEYCİLİK = İHTİBARİYE = EMPIRICISM[İng.] = EMPIRISME[Fr.] = EMPIRISMUS[Alm.]
All experience is born of imagination. )
- DENEYİM ile/ve/değil/||/<>/< DENEYEYİM
- DENEYİM ile/ve/||/<>/> DÜZENLEYİCİ DENEYİM
- DENEYİM ile/ve/değil/||/<>/< YÖNTEM
- DENEYİM ile/ve/||/<> ZİHİNSEL/OLGUSAL DENEYİM
- DENGELİ POLİMORFİZM ile/||/<> GEÇİCİ POLİMORFİZM
- DESEM ile DE(EEE)RMİŞİM
- DETERMİNİZM[İng. DETERMINISM] ile/||/<> GEREKİRCİLİK[İng. DETERMINISM]
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- DEVRİ DAİM ile/ve/değil/||/<>/< DEVR-İ DAİM
- DEVRİDAİM["DEVİRDAİM" değil!] ile DEVRİDAİM POMPASI
- DEVRİM ile/ve/değil/yerine/<>/> DEVİNİM
- DEVRİM ile/ve/değil/||/<>/< DÖNÜŞÜM
- DEVRİM ile/ve/>/değil/yerine EVRİM
- DEVRİM ve/ne yazık ki/||/<>/> !KIYIM
- DEYİM/DİYİM/DEYİYİM" değil DİYEYİM
- DİKKAT "ETMEK" İSTİYORUM ile DİKKAT ÇEKMEK İSTİYORUM
- DİLEMMA/KIYAS-I MUKASSEM değil/yerine/= İKİLEM
- DİLİMLEMEK ile DİLİMLENMEK ile DİLİMLETMEK ile DİLİMLENEBİLMEK ile DİLİMLEYEBİLMEK ile DİLİM ile DİLİM DİLİM
- DİNÎ SÖYLEM ile TEOLOJİK SÖYLEM
- DİNLEYELİM! ve/||/<> YÜZLEŞELİM! ve/||/<> ANLAYALIM!
- DİNLİYİM ile/değil DİNLEYEYİM
- DİRHEM ile DİRHEM DİRHEM
- DİRİMBİLİM/DİRİLBİLİM = BIOLOGY[İng.] = BIOLOGIE[Fr.] = BIOLOGIE[Alm.] = BIOLOGIA[İt.] = BIOLOGÍA[İsp.]
- DİRİMBİLİM ve/||/<>/> EVRİM
Moleküler Evrimde Kullanılan Dirimbilisel(Biyoenformatik) Araçlar
Nükleotid Dizi Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI | NCBI, biyoteknoloji ve biyotıp ile ilgili bir dizi veritabanı içerir. Biyoenformatik araçları ve hizmetleri için önemli bir kaynaktır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov |
| EMBL | Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı (EMBL) Nükleotid Dizisi Veritabanı, Avrupa Biyoenformatik Enstitüsü'nde (EBI) tutulan kapsamlı bir birincil nükleotid dizileri koleksiyonudur. Veriler, genom dizileme merkezlerinden, bireysel bilim insanlarından ve patent ofislerinden alınır. | https://www.embl.org |
| DDBJ | DDBJ (DNA Databank of Japan) Japonya Bilgi Biyolojisi Merkezi tarafından organize bir birincil nükleotid dizi veritabanıdır. | https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html |
| GenBank | NCBI’nin birincil veritabanları arasındadır. Farklı kaynaklardan toplanan nükleotid ve aminoasit dizi koleksiyonlarını içerir. Bu veritabanı, belli bir dizi bilgisini türünün aranmasını ve kullanımını kolaylaştırmak için dizi bilgilerini farklı biçimlerde düzenlemeye izin veren biçimde kategorize edilmiştir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank |
| OMIM | OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man Database) insanda tanımlanan genlerin ve genetik hastalıklarla ilgili fenotipleri içeren kapsamlı bir veritabanıdır. | https://www.omim.org |
| Entrez Moleküler Dizi Veritabanı | Entrez, nükleotid ve protein dizisi verilerine, gen merkezi ve genomik haritalama bilgilerine, 3D yapı verilerine, PubMed MEDLINE’a ve daha fazlasına entegrasyon sağlayan bir moleküler biyoloji veri tabanı sistemidir. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/entrezfs.html |
| Homologene | Tamamı dizilenmiş ökaryotik genomlarda anotasyonu tamamlanmış genlerin diğer organizmalardaki homologlarının otomatik olarak bulunmasını sağlayan bir araçtır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene |
| NCBI RefSeq | Genomik DNA, transkriptler ve protein dizi setlerini içeren ve tekrar olmayan, entegre ve kapsamlı dizi koleksiyonunu içeren bir veritabanıdır. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq |
Protein Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| UniProt/Swiss-Prot | Protein dizi ve işlev bilgilerine erişim sağlayan bir veritabanıdır. Proteinleri ailelere, domenlere ve korunmuş bölgelere göre sınıflandırarak işlevsel analizini sağlayan veritabanıdır. | https://www.uniprot.org |
| InterPro | Hangi genlerin/proteinlerin hangi kategoriler altında ifade edildiğini ve ekspresyonlarının hangi koşullarda farklılık gösterdiğini gösteren veritabanıdır. | https://www.ebi.ac.uk/interpro/home |
| Expression Atlas | Kütle spektrometresiyle belirlenmiş protein ekspresyon verilerinden oluşan bir arşivdir. | https://www.ebi.ac.uk/pride |
Genom Tarayıcıları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Genome Data Viewer (GDV) | Harita Görüntüleyici, organizmaların tüm genomlarının ve kromozom haritalarının görüntülenmesini sağlar. | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv |
| Ensembl | Referans genom anotasyonlarına erişim sağlayan bir genom tarayıcısı, API ve veritabanıdır. | https://www.ensembl.org |
| UCSC Genome Browser | UCSC (University of California Santa Cruz) Genom Browser genom dizi bilgilerini içeren bir veritabanıdır. | |
| VEGA Genome Browser | VEGA (Vertebrate Genome Annotation) genom tarayıcısı Ensembl veritabanı üzerine kurulmuştur. Ensembl ve VEGA arasındaki fark, Ensembl'in çok sayıda omurgalı ve omurgasız türü için hesaplamalı olarak seçilmiş ("computationally curated") dizilerin görüntülenebilmesi, VEGA veritabanının ise dizilemesi tamamlanan omurgalı genomik dizilerinin yüksek kaliteli manuel anotasyonlarını içermesidir. | http://vega.archive.ensembl.org |
Gen Ekspresyon Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Gene Expression Omnibus (GEO) Database | GEO, MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) uyumlu mikro dizi verilerini, yeni nesil dizileme verilerini ve bilimsel topluluk tarafından sunulan diğer yüksek verimli fonksiyonel genomik veri biçimlerini arşivleyen ve serbestçe dağıtan halka açık bir veritabanıdır. | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo |
| ArrayTrack Database | ABD Gıda ve İlaç İdaresi’nde mikroarray gen ekspresyon verilerinin halka açık bir veritabanıdır. ArrayTrack, mikroarray gen ekspresyonu verilerini ve farmakogenomik veya toksikogenomik çalışmalarla ilişkili deneysel parametreleri yönetmek, analiz etmek ve yorumlamak için entegre bir çözüm sunmaktadır. İlaçların veya diğer kimyasalların gen ekspresyonu üzerindeki etkileri üzerine çalışmalar için uygundur. ArrayTrack, MIAME uyumlu verileri desteklemektedir. | https://www.fda.gov/science-research/bioinformatics-tools/arraytrack-hca-pca-standalone-package-powerful-data-exploring-tools |
Dizi Benzerliği Arama Uygulamaları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| NCBI BLAST+ | Protein dizisi veritabanları için hızlı yerel benzerlik arama aracıdır. Novel dizilerin yapısı ve işlevi hakkında fonksiyonel ve evrimsel ipucu verecek dizi benzerlik bölgelerinin bulunmasında kullanılmaktadır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiBlast |
| FASTA | FASTA nükleotid ya da protein veritabanlarını bir sorgu dizisiyle aramak için kullanılan bir program paketidir. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta |
Protein ve Genom Veritabanları
| Veritabanı Adı | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Protein Veritabanları |
|
|
| Genom Tarayıcıları |
|
Durum Varsayımı Dönüştürme
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| EMBOSS | Protein ve nükleotit dizileriyle ilgili çeşitli dönüştürme işlemleri yapar. (Örn: FASTA formatına çevirme, ters çevirme) | https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss |
| EMBOSS backtranseq | Kodon kullanım frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevirmek için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/emboss |
| EMBOSS cpgplot | Nükleotid dizilerindeki potansiyel CG adalarının tanımlanmasında kullanılır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot |
| EFO (Experimental Factor Ontology) | EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan çok sayıda deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. | https://www.ebi.ac.uk/efo |
| HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) | İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgal genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. | https://www.sanger.ac.uk/projects/manual-annotation |
| Reactome | Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. | https://reactome.org |
| KEGG | Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. | https://www.genome.jp/kegg/pathway.html |
Çoklu Dizi Hizalama Araçları
| Araç Adı | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| BLAST | Protein, nükleotid veya protein dizileriyle karşılaştırma ve eşleşmelerin istatistiksel olarak önemsizliğini hesaplar. | https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi |
| CLUSTAL OMEGA | DNA ve protein dizilerinin çoklu dizi hizalamasında kullanılan araştırma aracı. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo |
| KALIGN | Binlerce protein veya nükleotid dizisini hizalayabilen çoklu dizi hizalama programı. | |
| T-COFFEE | Birden çok hizalama yöntemiyle elde edilen sonuçların birleştirilmesini sağlar. | https://tcoffee.crg.eu/apps/tcoffee |
| MAFFT | Aminoasit veya nükleotid dizilerinin çoklu dizi hizalamalarını yüksek hızda gerçekleştirebilen bir programdır. | https://mafft.cbrc.jp/alignment/server |
| LALIGN | Protein veya nükleotid dizilerindeki kesişmeyen yerel hizalamalarının hesaplanmasıyla duplikasyonların bulunmasını sağlar. | https://fastademo.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?im=lalign |
| PIR SEARCH | Genomik ve proteomik araştırmalar için tasarlanmış bir protein bilgi kaynağıdır. | https://fermi.utmb.edu/cgi-bin/SDAP/sdap_10?dB_Type=0&allid=18&seqid=15&serverid=4 |
| MUSCLE | Protein ve nükleotid dizileri için çoklu hizalama aracıdır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle |
Veri Formatı Dönüştürme Servisleri
| Araç | Açıklama | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Readseq | Belirli bir dizi formatını, dizi analizinde veya filogenetik analizde kullanılan yaygın dizi formatlarından herhangi birine dönüştürmek için kullanılan web tabanlı dizi dosyası biçimlendirme aracıdır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/readseq |
| Segret (EMBOSS) | Dizi formatı dönüştürme aracıdır. DNA, RNA veya protein dizilerini desteklenen dizi formatlarına (FASTA, EMBL, PDB, GENBANK, REFSEQ, FASTA, ACE, GFF, Ensembl SQL gibi) dönüştürür. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/sfc/emboss_seqret |
| EMBOSS backtranambig | Bir protein dizisinin belirsiz nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranambig |
| EMBOSS backtranseq | Kodon frekanslarını kullanarak bir protein dizisini nükleotid dizisine geri çevrilmesi için kullanılan araçtır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/su/emboss_backtranseq |
| EMBOSS cpgplot | Nükleotid dizilerindeki potansiyel CpG adalarının tanımlanmasında kullanılır. | https://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/emboss_cpgplot |
Anotasyon ve Tahmin Araçları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| EFO (Experimental Factor Ontology) | EFO, EBI veritabanlarında ve GWAS katalogu gibi projelerde bulunan birçok deneysel değişkenin sistematik bir tanımını sağlar. | https://www.ebi.ac.uk/efo |
| HAVANA (Human and Vertebrate Analysis and Annotation) | İngiltere'deki Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nün HAVANA grubu, VEGA tarayıcısında görünen insan, fare, zebra balığı ve diğer omurgalı genomlarının manuel anotasyonunu sağlamaktadır. | https://www.sanger.ac.uk/project/manual-annotation |
Yolak Haritalama ve Moleküler Etkileşim Veritabanları
| Veritabanı | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| Reactome | Yolak bilgilerinin görselleştirilerek sunulduğu açık kaynaklı ve hakemli bir veritabanıdır. | https://reactome.org |
| KEGG | Moleküler etkileşim ağlarını gösteren yolak haritalarını içerir. | https://www.genome.jp/kegg/pathway.html |
Yazılımlar
| Yazılım | Bilgi | Erişim Bağlantısı |
|---|---|---|
| PHYLIP (Phylogeny Inference Package) | Parsimoni, mesafe matrisi, benzerlik ve olasılık yöntemleri gibi çok sayıda farklı çözümleme yapabilen filogenetik bir analiz paketidir. DNA ve protein dizileri, gen dizileri, kesim bölgeleri, uzaklık matrisler gibi farklı veri tiplerini içerir. | https://evolution.genetics.washington.edu/pbylip.html |
| ADMIXtools | Popülasyon genetiği analizleri için kullanılan R temelli yazılımdır. | https://github.com/DReichl/AdmixTools |
| HyPhy (Hypothesis Testing Using Phylogenies) | Filogenetik, moleküler evrim ve makine öğrenimi tekniklerini kullanarak genetik dizi analizlerine olanak sağlayan açık kaynaklı bir yazılım paketidir. | https://www.hyphy.org |
| MEGA | MEGA, organizmaların moleküler düzeyde evrimsel analizi için sıklıkla kullanılan bir yazılım paketidir. Evrimsel analizler için çeşitli yöntem ve programlan içerir. | https://www.megasoftware.net |
| PALEOMIX | aDNA çalışmalarında yeni nesil dizileme verilerinin işlenmesinde ve filogenetik haritaların oluşturulmasında kullanılır. | https://paleomix.readthedocs.io/en/stable |
| Wasabi | Wasabi, evrimsel dizi çözümlemesi ve görselleştirme için kullanılan açık kaynaklı, web tabanlı bir grafik ortamıdır. Filogenetik içeriklerde çoklu dizi hizalamalarıyla çalışmak üzere tasarlanmıştır. | http://wasabiapp.org |
| MapDamage2 | Antik DNA dizilim platformları tarafından üretilen verilerde DNA hasarlarını belirlemek için kullanılır. | https://github.com/ginolhac/mapDamage |
| BEAST 2 | BEAST 2 (Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees) zaman ağaçları oluşturmak için kullanılır. | https://www.beast2.org |
| Eve | Herhangi bir evrimsel modelin denenmesi için kullanılır ve genom dizilim verilerini kullanarak evrimsel hipotezleri test eder. | https://github.com/simonhmartin/Eve |
| MFvol.db v1.0 | Python için ilk moleküler evrim kütüphanesidir. | https://zenodo.org/record/7261487#.ZCqLqXJBy5c |
| PMDtools | Antik DNA'ya ait hasar modellerinin hesaplanması ve modern DNA kontaminasyonunun belirlenmesi için kullanılır. | https://github.com/pontussk/PMDtools |
| Gargammel | aDNA simülatörüdür. Bilinen referanslardan yola çıkarak antik DNA'yı (aDNA) simüle etmede kullanılır. | https://grenaud.github.io/gargammel |
| ATLAS | Mikrobiyal genomik, filogenetik ve moleküler evrimsel çözümlemelerde kullanılan bir araçtır. | https://github.com/stjohn/atlas |
| DAMBE | Mitokondriyal DNA verilerinden yararlanarak kontaminasyon tahmini yapılmasını sağlar. | http://dambe.abcc.nu |
| Schmutzi | DNA ve protein hizalamaları için en uygun evrim modelini seçmek için kullanılan araçtır. | |
| ModelTest-NG | Yeni kuşak dizileme verilerinin çözümlemesinde ve popülasyon genetiği yaklaşımıyla varyant tanımlamada kullanılan yazılımdır. | https://github.com/dsupple/modeltest-ng |
| ANGSD | Tür ya da popülasyon düzeyinde çoklu genom hizalamalarının evrimsel çözümlemesinde kullanılır. | http://www.popgen.dk/angsd/index.php/ANGSD |
| POPBAM | Antik ve modern DNA örneklerinde heterozigotluk tahmini için kullanılır. | https://github.com/Bioinformatics/Archive/POPBAM |
| ROHan | Dışkı materyalinden antik DNA ve mikrobiyom çözümlemeleri sağlar. | http://grenaud.github.io/ROHan |
| repcold | Protein kodlayan dizilerin, değişken bölgelerin ya da dN/dS oranlarındaki değişiklikleri dizi evrimini belirlemeye yardımcı olan yazılım aracıdır. | https://github.com/nf-core/repcold |
| POSE | Birlikte evrim ("co-evolution") araştırması için geliştirilen bir simülatördür. | https://github.com/CDCgov/POSE |
| ACES | https://bioinformatics.org/ices | |
| RASP4 | Filogenetik ilişkilerin analizi ve filogenetik ağaçların oluşturulmasında kullanılan bir yazılımdır. | http://mnh.scu.edu.cn/soft/blog/RASP |
| HomoplasyFinder | Homoplasi olarak benzerliğin gibi filogenetik sinyalleri tespit eden bir yazılımdır. | https://josephryanp.github.io/ryanlab-projects/homoplasyfinder |
| CAPRI | Filogenetik ilişkilerini ve seçimini çözümlemeye yarayan, evrimsel ilişkilerin araştırılmasını sağlayan bir yazılımdır. | https://github.com/BacSysMe/Caprib |
| PSITE | Filogenetik ilişkileri kullanarak tümör evriminin simüle edilmesini sağlar. | https://github.com/hchyang/PSITE |
| DICE | Modern veya ilkel insanlardan alınan eski DNA (aDNA) örneklerindeki hata oranlarını, demografik parametreleri ve günümüz bireylerinden kaynaklanan bulaşma oranlarını öngörmede kullanılan bir yazılımdır. | https://github.com/grenaud/dice |
| EvoLSTM | İçeri bazlı diz evriminde makine öğrenmesi temelli olasılık modelleri sunar. | https://github.com/DongjoonLim/EvoLSTM |
| HOPS | Antik metagenomik verilerin taksonomik profillendirmesinde kullanılır. | https://github.com/rhuebler/HOPS |
| DamMet | aDNA örneklerinin incelenmesiyle antik metilomların haritalanmasını sağlayan olasılıksal bir model sunar. | https://github.com/KHanghoj/DamMet |
| SourceTracker | Metagenomik çalışmalarda, mikrobiyal toplulukların kaynağını tahmin etmek için tasarlanmış bir yazılım aracıdır. | https://github.com/danknights/sourcetracker |
- DIŞAVURUM ve/||/<>/< AHLÂK ve/||/<>/< İHLÂS
- DİVERGENCE THEOREM ile/||/<> FUNDAMENTAL THEOREM
- DİYAGRAM//DIAGRAM[İng./Fr. < Yun.] ile DİYAGRAM[Fr. < Yun.]
- DİYE BİLİYOR/UM ile/ve/||/<> DİYEBİLİYOR/UM
- ... DİYEYİM ile/ve/değil/yerine/||/<>/< ... DİYELİM
- DİZEM ile/değil DİZYEM[Fr.]
- DİZİM ile DİZİM DİZİM
- DEĞİŞİM ve GELİŞİM:
DOĞADA ile/ve/||/<>/> EKİNDE ile/ve/||/<>/> DEVLETTE ile/ve/||/<>/> ALTYAPIDA ile/ve/||/<>/> TİCARETTE ile/ve/||/<>/> MODADA ile/ve/||/<>/> TEKNOLOJİDE
- DOĞAL DEĞİŞİM ile YAPAY/SUNİ DEĞİŞİM
- DOĞAL SEÇİLİM ile/ve/değil/||/<>/> BİRİKİMLİ SEÇİLİM
- DOĞAL SEÇİLİM ile/||/<> YAPAY SEÇİLİM
- DOĞAL SEÇİLİM ile/||/<> YAPAY SEÇİLİM ile/||/<> CİNSEL SEÇİLİM ile/||/<> EVRİM MEKANİZMALARI
- DOĞRAMAK ile DOĞRULMAK ile DOĞRULAMAK ile DOĞRULANMAK ile DOĞRULATMAK ile DOĞRULATABİLMEK ile DOĞRULAYABİLMEK ile DOĞRU/LUK ile DOĞRUCA ile DOĞRUCU/LUK ile DOĞRULU ile DOĞRUSAL ile DOĞRUSUZ ile DOĞRU AÇI ile DOĞRU YOL ile DOĞRU AKIM ile DOĞRU DÜRÜST ile DOĞRU ORANTI ile DOĞRU PARÇASI ile DOĞRUCU DAVUT ile DOĞRU ORANTILI ile DOĞRUSAL DENKLEM
- DOĞRU AKIM ile/ve/||/<> ALTERNATİF AKIM
- DOĞRU AKIM ile/ve/||/<> ALTERNATİF AKIM
- DIRECT CURRENT[İng.] / COURANT CONTINU[Fr.] / GLEICHSTROM[Alm.] ile/değil/yerine/= DOĞRU AKIM
- DOĞRU SEÇİM ile/ve/<> DENGELİ TÜKETİM
- DOĞRUDAN YARDIM ile/değil/yerine DOLAYLI YARDIM
- DOĞRULUM/YÖNELİM ile KEMOTROPİZM ile YEREDOĞRULUM ile SUYA DOĞRULUM ile IŞIĞA DOĞRU EĞİLİM ile ISI KAYNAĞINA YAKLAŞMA
KEMOTROPİZM: Kimyasal maddelerin etkisiyle bitkilerde görülen, maddeye doğru ya da ters yöne yönelme durumu. İLE
YEREDOĞRULUM: Bitkilerde kök ve sapların, yerçekimi etkisi ile belirli bir doğrultu alma özellikleri. İLE
SUYA DOĞRULUM: Bitkilerin suya doğru eğilimi. İLE
IŞIĞA DOĞRU EĞİLİM (Fototaksi, ışık göçüm): a) Bir hücrelilerde birdenbire aydınlanma sonucu görülen tepkime. | b) Bitki gövdelerinin ışığa doğru dönmeleri. İLE
ISI KAYNAĞINA YAKLAŞMA: Bir ısı kaynağına yaklaşma ya da uzaklaşma. )
- DOĞUM ve/> BÜYÜME ve/> GELİŞİM
- DOĞUM ile/ve/=/:/<> EVRENDOĞUM
- DOĞUM ile LAMAZE DOĞUM
- DOĞUM ile/ve/||/<>/> YAŞAM ile/ve/||/<>/> ÖLÜM
- DÖKÜM ile BİR BAKIŞ AT ile ÇOK ROL YAPMAK ile NAZAR ETMEK ile ISSIZ ADADA MAHSUR KALMAK ile DÖKME DEMİR ile KURA ÇEKMEK ile HİNTYAĞI ile KASTORYUM
- YATIRIM:
"DOLAR"A ile/değil/yerine DOĞAYA
- DOLAŞIYIM" değil DOLAŞAYIM
- ROTATIONAL SPECTRUM[İng.] / SPECTRE DE ROTATION[Fr.] / ROTATIONSSPEKTRUM[Alm.] ile/değil/yerine/= DÖNME TAYFI/SPEKTRUMU
Do not imagine that you can change through effort.
Abandon every personal desire and use the power thus saved for changing the world!
Once realised of silence, it will deeply affect the changeable, itself remaining unaffected.
The unchangeable is of no use to you.
You are responsible only for what you can change. All you can change is only your attitude. There lies your responsibility.
Only the changeable can be thought of and talked about. )
- DEUTERIUM[İng.] / DEUTÉRIUM[Fr.] / DEUTERIUM[Alm.] ile/değil/yerine/= DÖTERYUM
- DRAM ile/değil/yerine/||/<>/> SDRAM
- DÜALİZM[İng. DUALISM] ile/||/<> İKİCİLİK[İng. DUALISM]
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- SAÇ YAĞİ[Osm.] / OLEUM[İng.] / OLEUM[Alm.] ile/değil/yerine/= DUMANLI SÜLFÜRİK ASİT
- DUODENUM ile/ve JEJUNUM ile/ve ILEUM
- DURAĞAN TOPLUM ile/değil/yerine/>< DEVİNGEN TOPLUM
- DURAN ADAM ve/||/<> OTURAN TOPLUM
- RUHESYSTEM[Alm.] ile/değil/yerine/= DURGUN SİSTEM
- DURUM ile/ve/değil GEREKSİNİM
- DUŞUMU ALDIM, (...) değil/yerine YIKANDIM / DUŞ ALDIM
- DÜŞÜNÜNCE (YANITLARIM) ile/ve/değil DÜŞÜNDÜKTEN SONRA (YANITLAYAYIM)
- DÜŞÜNÜŞ" ile/ve/||/<> "ELE/DİLE ALIŞ" ile/ve/||/<> "YAKLAŞIM" ile/ve/||/<> "ANLAYIŞ" ile/ve/||/<> "YÖNTEM"
- DÜŞÜNÜYORUM ile/||/<> VARIM
- DUYU VERİSİ[İng. SENSE-DATUM] ile/||/<> KANITÇILIK[İng. EVIDENTIALISM]
[ açıklamaların devamı için... bkz. > evrimagaci.org/sozluk ] )
- DÜZELSİN/DÜZELTİN/DÜZELTELİM ile/ve/değil/yerine DÜZELTİYORUM(DEĞİŞİME ŞİMDİ/ŞU AN BAŞLIYORUM!)
- DÜZGÜN ÇİZGİSEL DEVİM ile/ve/||/<> DAİRESEL DEVİM
- DÜZLÜK ÜZERİNE YAPILAN RESİM ile KUBBE ÜZERİNE YAPILAN RESİM
- ECR-İ AZÎM ile/ve ECR-İ KERÎM
- ECZEM[Ar. < CÜZÂM] ile ECZEM[Ar.]
- EDEBÎ TANIM/YAKLAŞIM ile FELSEFÎ TANIM/YAKLAŞIM
- EFHÂM[Ar. < FEHM] ile EFHAM[Ar. < FEHÎM]
- EĞİLMEK/EĞİLDİM ve/||/<>/> BİRAZ ÇALIŞMAK/ÇALIŞTIM
- EĞİM ile EĞİM ile EĞİMLİ ile EĞİK DÜZLEM
- EĞİM ile YÜKSEKLİK/RAKIM
(1996'dan beri)